En un terminal utilizamos:
htpasswd -c /etc/apache2/.htpasswd TUUSUARIO

Después en Webmin vamos a Servers, apache y edit config files. Buscamos AllowOverride en /var/www/html y lo cambiamos a AllowOverride AuthConfig.

Ahora vamos a apache, per-directory option files. En Create Options File input ponemos el .htaccess que deseamos crear, en este caso /var/www/html/admin/.htaccess (habiendo creado antes la carpeta admin)

Y hacemos click en el botón de crear.
Vamos a Access Control rellenamos esto tal cual está en la imagen con el usuario que corresponda

Una vez terminado hacemos click en Save y aplicamos los cambios.
Ya lo podemos probar:

Y comprobamos que funciona:

Enlace al PDF: https://drive.google.com/open?id=0B9zT1LiWIqX5aloyZ29DRmZIS28